El AS/400, cuenta con un sistema de ficheros integrado (IFS- Integrated File System ). En términos prácticos tiene las características de un sistema abierto, las aplicaciones escritas en otros sistemas de ficheros, PC, Unix, etc., puede tener acceso a los datos almacenados en el AS/400. El IFS integra todos los sistemas de ficheros en el AS/400 con un interfaz y un sistema de reglas. El AS/400 debía utilizar una sola raíz, como un sistema de ficheros de la PC, y puso el resto de los sistemas de ficheros debajo de él. De un cliente de Windows el AS/400 aparecería como un anexo de la red, es decir, como parte de esta. Se tendría PC como los subdirectorios para todos los sistemas de ficheros que el AS/400 apoya.