Un paquete es un conjunto de ficheros relacionados con una aplicación, que contiene los objetos ejecutables, los archivos de configuración, información acerca del uso e instalación de la aplicación, todo ello agrupado en un mismo contenedor.  Encontramos los binarios y los que son el código fuente.

Paquetes binarios 

Contienen código maquina, y no código fuente, por lo que cada tipo de arquitectura (X(&, ALPHA, SPARC,...) necesita su propio paquete. Encontramos estos tipos de paquetes binarios:

RPM
Estos paquetes son utilizados por distribuciones Red Hat, Suse, Mandrake, Conectiva, Caldera, etc. 

DEB
Estos paquetes son utilizados por distribuciones como Debian, y las basadas en ella, como Ubuntu. La utilidad para manejar este tipo de paquetes son apt  y dpkg.

TGZ
Son utilizados por la distribución Linux Slackware.

Paquetes de código fuente 

Contienen el código fuente del programa, estos vienen con los archivos necesarios para compilar e instalar el programa manualmente. Suelen presentarse en formato .tar.gz o tar.bz2 (osea compactado con tar y comprimido con gzip o bzip). Lo normal es que cada aplicación tenga la informacion en el fichero README o INSTALL de  como instalarlo.

Instalando un aplicacion 

Generalmente la aplicación se presentará en un fichero tip .tar.gz o .tar.bz2.  Lo primero que tendremos que hacer es descomprimir y descompactar el archivo.
tar -zxf aplicacion-version.tar.gz
en el caso que sea extension .tar.bz2, sería  tar -jkf aplicación-versión.tar.bz2

una vez descompactado y descomprimido, lo compilamos y lo instalamos así:
./configure
make
make install

Dentro de este tipo de paquetes, también se pueden encontrar paquetes de código fuente en formato rpm. Normalmente están identificados con el campo src. Estos paquetes no contienen la aplicación lista para instalar, sino su código fuente.  Mediante la instalación de este tipo de paquetes, lo que se consigue es compilar un nuevo paquete optimizado para la máquina en donde se ejecute, con lo que se crea un nuevo paquete rpm, que será el que finalmente instalaremos en nuestro sistema.

Instalando un paquete .rpm 

Normalment, la sintaxis para identificarlos es la siguiente:
Nombre-versión_aplicación-versión_paquete.arquitectura.rpm
Ej: paquete de instalación del servidor samba, version 3 del programa, version 15 del paquete para arquitectura i386.
samba-3.00-15.i386.rpm